La diarrhée aigue de l’adulte est un motif d’admission fréquent en médecine. Une identification précise et rapide des agents étiologiques est importante pour le traitement et le contrôle des infections. Le test du panel gastro-intestinal Biofire Film Array (FA-GI) peut détecter 20 agents pathogènes bactériens, viraux et parasitaires (22 cibles) simultanément dans une selle.

Dans ce travail nous avons pu expérimenté l’approche syndromique par ce test, comme nouvel outil diagnostic des infections gastro-intestinales chez l’adulte, en collaboration avec des gastro-entérologues.

La sélection des patients présentant une diarrhée aigue a été obtenue par les gastro-entérologues au cours de leur consultation. Les selles reçues au laboratoire, de la période allant de Mars 2018 à Avril 2019, ont bénéficié d’une analyse microbiologique moléculaire FA-GI.

Au total 100 selles ont été récoltées parmi lesquelles 76% (N=76) étaient positives. On a identifié 150 étiologies microbiennes différentes parmi lesquelles l’étiologie bactérienne, virale et parasitaire représentait respectivement 82,6% (N=124), 15,4% (N=23) et 2% (N=3). Les différentes espèces sont représentées dans le tableau ci-dessous :

Ces étiologies étaient le plus souvent associées entre elles, le taux de coinfection était de 59,2% (N=45 cas), il s’agissait soit d’une coinfection à 2 pathogènes (N=24 cas), 3 pathogènes (N=14) ou plus de 4 pathogènes (N=7).

Cette approche syndromique utilisant ce test moléculaire représente une innovation importante en microbiologie qui a permis une levée de voile sur les multiples étiologies microbiennes, rencontrées dans les diarrhées aigues de l’adulte. A l’avenir il serait intéressant d’utiliser ce type de test moléculaire en routine.

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