Identification of Campylobacter species by MALDI TOF MS and real-time PCR

D'après la conférence du Dr. Abir KOUIDRAT

A Kouidrat, P Lehours, F Megraud, A Buissoniere, A Ducaurnau, F Djennane,

MA Bachtarzi, M Tazir, W Amhis.

{{ Math.ceil(time['minutes']) }} min read / 0 Commentaires / 23 Vues / Publié le 2019-07-16

Objectif : l’augmentation de la fréquence d’hospitalisation pour diarrhées infectieuses chez l’enfant en Algérie justifie le développement de techniques de diagnostic au niveau de l’espèce des bactéries du genre Campylobacter.

L’objectif est de faire un état des lieux des espèces du genre Campylobacter isolées au laboratoire de bactériologie du CHU Mustapha Alger à travers la confirmation de l’identification au niveau de l’espèce des souches de Campylobacters isolées par spectrométrie de masse MALDI TOF et PCR en temps réel.

Matériel et Méthodes : ce travail a porté sur 31 souches de Campylobacter isolées des prélèvements de selles et d’hémocultures au laboratoire de bactériologie du CHU Mustapha d’Alger. Les cultures sont purifiées sur milieu sélectif ou filtrées sur une gélose Trypticase Soja Agar TSA à travers un filtre calibré de 0,25 µm puis incubés 24 heures en atmosphère micro aérobie ANOXOMAT®à 35 ±2°C.                                        

L’identification du genre se fait par un examen direct à l’état frais, un test à l’oxydase et catalase positive.

L’identification de l’espace se fait à la fois par :

  • Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation – Time of flight MALDI-TOF MS le microflex LT® (Bruker®)selon les recommandations du fabricant.
  • Polymerase Chain Reaction PCR temps réel sur LIGHTCYCLER 1.0® basée sur la détection du gène gyrA afin de distinguer les jejuni et C. coli selon les recommandations du fabricant.

 Les extraits d’ADN sont obtenus par extraction rapide. Le mix PCR est constitué par le kit LightCycler® FastStart DNA Master HybProbeet un couple de sondes utilisant le principe du système FRET en tandem permettant l’analyse des polymorphismes post PCR. La sonde de détection « sensor » présente trois mésappariements avec C. jejuni et se détache plus facilement des amplicons en augmentant les températures entrainant une température de fusion plus faible pour C. jejuni (Tm = 58) par rapport à C coli (Tm = 62).

Résultats : l’identification était identique par les deux méthodes :

  1. jejuni était l’espèce la plus fréquente 24/31 (77,42%). Les 7 autres étaient identifiées comme C coli (22,58%).

Conclusion : l’identification par MALDI TOF tant à remplacer les autres méthodes compte tenu du cout de reviens beaucoup plus faible, de la rapidité de l’identification, de la simplicité de l’analyse et devrait se répondre expressément en Algérie.

Identification of Campylobacter species by MALDI TOF MS and real-time PCR

AUTEUR

Dr. KOUIDRAT Abir

Biologiste clinicienne au CHU Mustapha, Alger

Société Algérienne de Microbiologie Clinique

institut pasteur d'alger , 2019-06-20 jusqu'a 2019-06-20

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