Introduction : la diarrhée représente un enjeu majeur de santé publique dans le monde essentiellement dans les pays en voie de développement. C’est l’une des principales causes de morbidité et de mortalité chez les enfants de moins de cinq ans.

La gastro-entérite aigüe ou la diarrhée aigüe a de multiples causes infectieuses dont les virus, les bactéries ou les parasites qui se transmettent principalement par voie oro-fécale indirecte ou directe.

Objectifs :

• Déterminer la place de chaque micro-organisme entéropathogène dans les diarrhées des enfants de moins de 05 ans.
• Déterminer la résistance aux antibiotiques des bactéries entéropathogènes.
• Déterminer les génotypes des Rotavirus.

Matériels et méthodes : durant une période de 3 ans (d’octobre 2013 à septembre 2016) nous avons analysé 500 selles. L’analyse a comporté la recherche des parasites par examen microscopique, la recherche des virus par immun-chromatographie et immunoenzymatique, et la recherche des bactéries enteropathogènes par coproculture; l’identification est basée sur les caractères biochimiques, ainsi qu’une identification antigénique par le test d’agglutination sur plaque en verre. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été effectuée selon les recommandations du CLSI 2015. Le génotypage des Rotavirus a été effectué par la technique de PCR multiplex semi-nichée en point final.

Résultats : au total le taux de positivité est de 63%, avec 31.8% de virus (69,5% de Rotavirus le génotype G1P [8] représente 51.66%, et 18.2% des Rotavirus sont semi-typés et 18.2 % d’Adenovirus) et 22,6% de bactéries (39% SNT dont 72.3% de sérovars S. Enteritidis et S. Typhimurium, 28% Campylobacter jejuni, et 15.2% respectivement pour les shigelles avec 71.4% de Shigella sonnei et les ECEP le sérovar 055  représente 33.4%), les parasites à 2.6% et les co-infections à 6 %. Le sexe masculin représente plus de 58% des diarrhées virales ou bactériennes. Les virus et les bactéries retrouvés dans notre série sont isolés tout au long de l’année mais les virus sont plus isolés en hiver (35.8%) ; les bactéries sont isolées au printemps (38.9%) au mois d’août les virus et les bactéries sont isolés avec un même taux de (10.6%). La résistance aux antibiotiques des bactéries enteropathogènes est de 43% pour l’ampicilline et 30,2% pour le cotrimoxazole, avec 76.2% pour le genre Shigella, 27% pour le ciprofloxacine, les entérobactéries sont toutes sensibles au cefotaxime, Campylobacter jejuni est résistant à 15.5% aux macrolides.

Conclusion : les diarrhées virales à Rotavirus sont prédominantes à génotype G1P [8] et dans les diarrhées bactériennes le Campylobacter jejuni occupe la deuxième place après les salmonelles non typhoïdiques. La résistance aux aminopénicillines et au cotrimoxazole est importante chez les bactéries enteropathogènes.

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